En 2000, une gigantesque explosion se produit en Antarctique, provoquant un cataclysme (raz-de-marées, fonte des calottes polaires) qui dévaste une grande partie de la planète. Les autorités déclarent que cette catastrophe est due à la chute d'un astéroïde.

Quinze ans plus tard, l'humanité a surmonté cet événement, appelé le Second Impact. Mais de mystérieuses créatures nommées Anges font leur apparition, et tentent de détruire Tokyo-3, la nouvelle capitale-forteresse du Japon, construite après le Second Impact.

Pour les combattre, l'organisation secrète NERV a mis au point une arme ultime, l'« Evangelion » ou « Eva », géant anthropoïde piloté comme une simple mécanique, mais en réalité créature bien mystérieuse.

Shinji Ikari, quatorze ans, se rend à Tokyo-3 sur invitation de son père, qu'il n'a pas revu depuis ses 3 ans. Il est loin de se douter qu'il sera impliqué dans un conflit qui pourrait bien signifier la fin de l'humanité quoi qu'il arrive…